企业的商业秘密被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门起诉，寻求司法保护。
第一，向仲裁机构申请仲裁解决。企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成仲裁协议的，可向约定的仲裁机构申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在十五日内向人民法院起诉。
第二，在双方没有约定仲裁管辖时，可以直接向人民法院起诉。向人民法院起诉的，要弄清人民法院的管辖范围，一般讲应向被告所住地人民法院或侵权行为地人民法院起诉。
订立合同的，应向被告所住地或合同履行地人民法院起诉。