夫妻双方户口不在一起，孩子是能落户的，可以选择夫妻任意一方户口所在地落户。户籍登记制度规定，孩子的户口，可以随父，也可以随母。父母户口不在一起孩子上户口的办法：由户主、亲属、抚养人或者邻居，携带相关材料向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记即可。且一般自婴儿出生后一个月以内办理。新生儿出生一个月以内,新生儿父母或监护人凭《出生医学证明》、持《居民户口簿》到新生儿常住地户口登记机关申报出生登记。
宝宝上户口有哪些流程？
1、证件一定准备齐全，在准备分娩时一定要带好证件，包括新生儿父母的身份证、户口本、准证证。
2、在医院有两次信息录入，一次是分娩前的信息录入，需要新生儿父母的身份证，
第二次是分娩后在产房录入信息，同样需要新生儿父母的身份证。
3、30天内领取出生证，刚出生的新生儿因为还没有名字，所以可以随后(30天内)再到医院办理出生证，办理出生证时需要提供新生儿父母的身份证、户口本、准生证(也可以没有)在医院制定处办理，这时候需要提供新生儿的名字。
4、为新生儿上户口，拿着出生证、父母双方的身份证、户口本、出生证(也可以没有)，到要父亲或者母亲户口所在地派出所户籍处办理即可。
综上所述，即使夫妻双方户口不在一起，孩子也能落户，以上为需要携带的资料和准备的流程。