可抵扣进项税额加计10%，抵减应纳税额与增值税期末留抵税额退税制度是否矛盾？
是。根据《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点后增值税纳税申报有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第13号）规定：《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》（以下称“申报表主表”）第13栏“上期留抵税额”“一般项目”列“本年累计”和第20栏“期末留抵税额”“一般项目”列“本年累计”栏次停止使用，不再填报数据。2016年27号公告发布前，申报表主表第20栏“期末留抵税额”“一般项目”列“本年累计”中有余额的增值税一般纳税人，在27公告发布之日起的第一个纳税申报期，将余额一次性转入第13栏“上期留抵税额”“一般项目”列“本月数”中。这就是关于您问题的相关法律。