员工自离时单位不结算工资是违法的。用人单位应当在与员工解除或终止劳动合同时一次性付清其工资，如果因员工的原因给单位造成损失，单位可依法从其工资中扣除部分，但不能够不发工资。
如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。如果单位拒不支付工资的，员工可以向劳动局申请劳动仲裁。
一、违法解除劳动合同有什么后果？
　1.强制继续履行
　继续履行合同是指违反合同的用人单位不论是否已经承担赔偿金或违约金责任，都必须根据员工的要求，并在自己能够改选的条件下，对原合同未履行部分继续按照要求履行。
　　强制用人单位继续履行须同时符合以下三个条件：
　　（1）用人单位违法解除了劳动合同;
　　（2）劳动者有继续履行合同的要求;
　　（3）用人单位具备继续履行劳动合同的能力和条件。
　　2.按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金
如果劳动者在用人单位违法解除的情况下不要求继续履行或实际无法继续履行，则可要选择向用人单位提出支付赔偿金的要求。支付标准为经济补偿标准的二倍。如果赔偿金与经济补偿竞合时，应当支付赔偿金。
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《工资支付暂行规定》
第七条 工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。