只要养殖场场主向国土部门进行了备案登记，办理相关证件，合法开设的养殖场就不是违章建筑。在土地上搭建涉农设施用于养殖的行为，属于从事农业生产经营活动的合法行为，依法享有从事畜牧业这一农业生产经营活动的权利，这是国土资源部的相关规定对农民发展农业这一基础性产业的基本保障。另兴建农业设施占用农用地的，不需办理农用地转用审批手续，也无需办理建设用地审批手续。养殖户在承包地上搭建临时养殖设施的行为属于直接用于畜禽舍的农业设施行为，依法并不需要取得建设工程规划许可证。
那么农业养殖用地申请流程怎么走
农业养殖用地申请流程：
1、计划养殖者需持设施农用地建设方案及用地协议向所在地乡镇政府提出用地申请。
2、乡镇政府依据设施农用地管理的有关规定对经营者提交的资料进行审查，符合要求的，由乡镇政府牵头，会同区国土、农业、畜牧、环保等部门及计划养殖者对项目用地进行现场踏勘。畜牧部门具体审核畜禽养殖场规模布局及畜禽种类是否符合畜牧规划要求。符合规定要求的，由乡镇政府报区政府审批。
3、经区政府批准后，计划养殖者方可建设生产设施用地，而后经国土部门会同相关部门初验符合设计要求的，国土部门向经营者颁发设施农用地备案通知书，计划养殖者方准建设附属设施用地。
综上所述只要养殖场场主向国土部门进行了备案登记，办理相关证件，合法开设的养殖场就不是违章建筑，希望以上回答能够帮到你《民法典》第三百三十一条 土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利，有权从事种植业、林业、畜牧业等农业生产。