农村医保住院费用报销比例随着就诊医院的级别不同而变化。
在村卫生室就诊报销比例最高，可以达到60%。在镇卫生院就诊可以报销40%，一级医院就诊报销30%，三级医院就诊则可以报销20%。
参合农民可以选择不同医院就诊，一般采取就近原则，选择不同医院的报销比例也有所不同，一般对住院患者的报销比例比较大，可以分为慢性病、特殊病种、意外伤害的情况采取不同的报销比例，可以在一定程度上避免因病致贫、因病反贫的情况。我国农村的医疗保险，大体上有合作医疗、医疗保险、统筹解决住院费及预防保健合同等几种形式。
正确选择合作医疗形式。农村合作医疗主要有乡办乡管、村办乡管、乡村联办、村办村管四种形式。从实施效果来看，在乡镇范围内开展“互助互济”会有更强的抗风险能力，能进行更有效的监督管理，并可以逐步提高社会化程度。因此，以乡办乡管为好，有条件的地区也可在县一级范围内开展。
农村合作医疗保险，是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。农村合作医疗是由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，在保障农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥了重要的作用。

医保报销流程是怎么样的呢？
一、申领补偿时，需带身份证、户口本、《新农合证》(此三证原件审核后复印存底)医疗机构的有效住院发票、出院小结(或病历)、费用清单和转诊证明。
二、患门诊大病(慢性病)的参合农民在规定时间(一般在每年7月和12月份)，需带身份证、户口本、《新农合证》、门诊发票及清单、门诊病历、检查报告、二级甲等以上医院或专科医院的门诊大病(慢性病)证明到乡(镇)农医所办理。
三、对已参加了商业保险的参合农民和参加了学生医疗保险的在校学生，出院后既要商业保险赔付又要新农合补偿时，参合农民应先将住院发票原件和发票复印件先交农医所或县级定点医疗机构核对后予以补偿，再将住院发票原件到商业保险公司赔付。发票复印件由农医所或县级定点医疗机构保存，但外伤病人只能原件报销(学生除外)。
四、住院费用实行限时报结制度，出院后三个月内可随时办理补偿结算手续，超过三个月的视为自行放弃补偿(外出务工者可延迟到年底)。农医所按实施办法规定标准应补偿的金额在10个工作日内支付给参合农民。
综上所述，农保住院报销比例随着医院级别报销程度不同。您了解了吗？
《中华人民共和国社会保险法》第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。