农村土地使用证补办流程如下：

（一）向所在乡镇的土地管理所递交补办土地使用证的申请;

（二）当地相关部门会派人前去核实自发证起房子是否保持现状及有没有扩建等情况;

（三）相关部门核实确认后，需要登报说明遗失情况;

（四）按当地土地管理所要求携带资料前去补办。

《中华人民共和国土地管理法实施条例》第三条，国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。土地登记资料可以公开查询。

【法律依据】

《中华人民共和国土地管理法实施条例》第三条，国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。土地登记资料可以公开查询。