贷款还清以后，他项权证会依法注销的。

【法律依据】

《房屋登记办法》第四十八条规定，经依法登记的房屋抵押权发生下列情形之一的，权利人应当申请抵押权注销登记：

（一）主债权消灭；

（二）抵押权已经实现；

（三）抵押权人放弃抵押权；

（四）法律、法规规定抵押权消灭的其他情形。