入职三个月辞职后单位拖欠工资，劳动者可以到劳动部门的保障监察大队投诉，也可直接申请劳动仲裁。
根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
