软件著作权受理后退回，显然是合法的行为，如果软件著作权申请时，提交的相关证明不清楚或者软件著作权涉及到侵权行为，审查机关应当退回。

【法律依据】

《计算机软件保护条例》第二十四条规定：向软件登记管理机构办理软件著作权的登记，是根据本条例提出软件权利纠纷行政处理或者诉讼的前提。