选择专利保护与商业秘密保护的方式是：
1.无法用专利法保护的，用商业密秘密保护，一种是不属于专利法保护的客体，二是创造性高度不够；
2.对于公开后容易被竞争对手闹开的方案，用商业秘密保护；
3.产品生命周期过长或过短的这种方案，不宜用专利保护。
【法律依据】
根据《专利法》第三条，国务院专利行政部门负责管理全国的专利工作；统一受理和审查专利申请，依法授予专利权。省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门负责本行政区域内的专利管理工作。