软件版权侵权的处理：

1、与侵权者协商，要求其停止损害行为以及赔偿；

2、申请版权行政管理机关进行调解；

3、直接向法院起诉；

4、书面合同中有仲裁条款，可申请仲裁机构仲裁。

【法律依据】

《著作权法》第五十五条，著作权纠纷可以调解，也可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。

当事人没有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的，可以直接向人民法院起诉。