知识产权出资纠纷有协商、调解、行政处理、仲裁和民事诉讼五种处理方式。

【法律依据】

《著作权法》第五十五条，著作权纠纷可以调解，也可以根据当事人达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。

当事人没有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的，可以直接向人民法院起诉。