一、扣押或者变相扣押农民工工资卡如何处罚

用人单位扣押或者变相扣押农民工工资卡的，由人力资源社会保障行政部门责令限期改正人，逾期不改，对单位处2万元以上5万元以下罚款，对个人处1万元以上3万元以下罚款。

根据《保障农民工工资支付条例》规定，有下列情形之一的，由人力资源社会保障行政部门责令限期改正;逾期不改正的，对单位处2万元以上5万元以下的罚款，对法定代表人或者主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员处1万元以上3万元以下的罚款：

(一)以实物、有价证券等形式代替货币支付农民工工资;

(二)未编制工资支付台账并依法保存，或者未向农民工提供工资清单;

(三)扣押或者变相扣押用于支付农民工工资的银行账户所绑定的农民工本人社会保障卡或者银行卡。

二、保障农民工工资中各单位部门的责任有哪些

(1)明确用人单位支付农民工工资的首要责任。坚持市场主体负责、政府依法监管、社会协同监督原则;用人单位拖欠农民工工资的，应当依法予以清偿。

(2)压实地方人民政府属地监管责任。县级以上地方人民政府对本行政区域内保障农民工工资支付工作负责，建立保障农民工工资支付工作协调机制，加强监管能力建设，健全保障农民工工资支付工作目标责任制，并纳入对本级人民政府有关部门和下级人民政府进行考核和监督的内容。乡镇人民政府、街道办事处应当加强对拖欠农民工工资矛盾的排查和调处工作，防范和化解矛盾，及时调解纠纷。

(3)明确部门职责，实现部门协同联动。人力资源社会保障行政部门负责保障农民工工资支付工作的组织协调、管理指导和农民工工资支付情况的监督检查，查处有关拖欠农民工工资案件。住房城乡建设、交通运输、水利等相关行业工程建设主管部门按照职责履行行业监管责任，督办因违法发包、转包、违法分包、挂靠、拖欠工程款等导致的拖欠农民工工资案件。发展改革、财政、公安以及其他相关部门依法承担相应职责，做好与保障农民工工资支付相关的工作。

(4)工会、共青团、妇联、残联等组织按照职责依法维护农民工获得工资的权利，发挥新闻媒体普法宣传和舆论监督作用，引导用人单位增强依法用工、按时足额支付工资的法律意识，引导农民工依法维权。

法律依据

《保障农民工工资支付条例》第五十四条 有下列情形之一的，由人力资源社会保障行政部门责令限期改正;逾期不改正的，对单位处2万元以上5万元以下的罚款，对法定代表人或者主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员处1万元以上3万元以下的罚款： (一)以实物、有价证券等形式代替货币支付农民工工资; (二)未编制工资支付台账并依法保存，或者未向农民工提供工资清单; (三)扣押或者变相扣押用于支付农民工工资的银行账户所绑定的农民工本人社会保障卡或者银行卡。