农村集体土地登记流程：
（一）工作准备阶段此阶段的工作主要有：
1.成立机构，
2.宣传发动，
3.组织协调，
4.业务培训，
5.权属资料整理，
6.编制工作方案，
7.收集有关法律法规和政策文件。成立乡（镇）集体土地确权登记及土地权属纠纷调处领导小组工作机构，准备登记所需表册及设备，收集资料。市集体土地发证办公室收集：涉及国土部门（土地详查等资料）、林业部门（林权制度改革成果资料）、农业部门（农村集体土地承包经营权证有关资料)、民政部门（行政勘界成果资料），水利部门（水域及水利设施的有关资料）、规划部门（乡（镇）新农村规划资料和有关农村测绘成果）等等。村小组收集：主要是权属资料：
1）土改时、“四固定”或农业合作化时期的土地所有证、资料
2）山林所有权证
3）土地承包合同
4）山林纠纷调解书
5）有关农村土地权属制度的历史资料及集体土地所有权形成和演变的其它资料等。
（二）发布通告阶段市人民政府向辖区内集体土地所有权的农民集体经济组织发布通告。通告的内容包括土地登记区的划分、土地登记的期限、收件地点、申请人应当提交的相关文件材料，以及需要通告的其他事项。
这次通告的方式主要有以下两种：
一是张帖，
二是直接送达申请人。
（三）提出申请及申报飞地阶段申请农村集体土地所有权登记，以村民小组或自然村为单位，按照权属界线所封闭的宗地为基本单元申请土地登记，由村民委员会统一组织本村所辖的村民小组或自然村提出申请，其中“一村一组”或“多村一组”的以村民小组申请，“一村多组”的以联组（自然村）申请，具体操作是：
(1)村民委员会根据政府通告内容向本村所辖的村民小组下发土地登记通知书，村民小组长收到通知后，小组法人必须在通知书上签名，以示通知已收到。
(2)村小组长到乡农村集体土地确权登记发证办公室领取土地登记申请书（制作统一表格），填好后连同相关资料，一并提交到乡“三权”发证办公室，时间定在某时前提交。
(3)集体建设用地使用权证和农民宅基地使用权证由土地使用者申请，也就是谁使用谁申请。
因省里正准备研究出台农民宅基地和集体建设用地确权的有关规定，所以这块工作先放后一步，先完成集体土地所有权证的发证工作，待省里的规定出台后，再全面铺开这两个项工作。飞地申报包括飞在本乡本村其他村小组的，飞在本乡其他村其他村小组的以及飞在其他乡镇的，在土地座落里把乡镇、村委、村小组名称填写清楚，并提交相应的权属资料，与土地登记申请书一起上报乡“三权”发证办公室。

法律依据：《中华人民共和国农村土地承包法》

第三条

国家实行农村土地承包经营制度。
农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式，不宜采取家庭承包方式的荒山、荒沟、荒丘、荒滩等农村土地，可以采取招标、拍卖、公开协商等方式承包。