医院在处理医疗纠纷的时候首先可以医患双方进行协商调解，调解不成的，医患任何一方均可向主管卫生行政部门提出处理请求。卫生行政部门受理后会指派专人妥善保管原始资料，封存有关医疗物品，组织工作人员展开调查，并形成文字材料。调查研究后，卫生部门会给出处理意见，一般会再次协商调解。协商不成的，会建议则建议患者或家属诉诸三级医疗事故鉴定委员会，进行鉴定。如对三级鉴定结论不服，可申请复仪或二级鉴定。如仍不服，则申请复议和一级鉴定。卫生行政管理部门和医疗单位根据鉴定结论和有关法规及制度作出相应处理。如对处理结果仍不服的，可以向当地基层人民法院提起诉讼。当然，双方自行协商、请求卫生行政部门处理都不是必经程序，也可直接向法院提起诉讼。
接待医疗纠纷投诉的规定及处理程序
1、当发生医疗纠纷时，科室必须保管好病案，不得丢失、涂改、外借。
2、科主任对本科内出现的医疗纠纷负责，医疗纠纷出现后科主任首先负责接待投诉的病人或家属，了解投诉内容，进行调查。能够当时答复者，给予准确的解释。当时无法答复或需调查后答复的应明确告知病人或家属下一次的接待时间和地点，同时向医教部报告。
3、患者死亡后出现医疗纠纷时，主管医师或值班医师会同上级医师，必须向家属明确提出是否做尸体解剖及48小时内完成，并在病程记录中完整的将家属是否同意做尸体解剖的意见记录在案，请家属签字。如家属拒绝做尸体解剖，必须请直系亲属在病历中写明“不同意尸检”并签字。
4、当患者家属提出封存复印病历时，正常上班时间报医教部，非正常上班时间报总值班。封存运行病历应是在医务人员陪同家属共同复印的病历复印件，客观病历患者家属可复印，主观病历患者家属不可复印，应封存复印件。
5、当科室在解决医疗纠纷时未能与患者/家属取得一致时，由医教部、治安办接待并继续解决。医教部依据患者家属提出的口头或书面意见组织相关科室人员进行调查讨论，必要时须经医院医疗事故鉴定委员会进行鉴定。
6、医教部在接待医疗纠纷中，被投诉科室科主任必须在场，如因特殊情况不在时，应向医教部报告后，可委托副主任医师以上的专业医师现场负责对对投诉者提出的有关专业问题的解答。
7、发生医疗纠纷，我院在接到病人家属投诉之日起，在七个工作日将结果答复病人或家属。
8、当投诉者对我院医疗鉴定结论不服时，须按有关程序向上级医疗事故鉴定委员会申请医学鉴定。
9、医务人员在接待医疗纠纷的投诉者时，应耐心、认真听取意见，合理科学的，用较通俗的语言做恰如其分的解释工作，以取得家属/患者的配合。
10、接待医疗纠纷时，应询问来访者是否为患者被法律承认的直系家属，以利医疗纠纷解决和合法性。
《医疗事故处理条例》

第三十五条 卫生行政部门应当依照本条例和有关法律、行政法规、部门规章的规定，对发生医疗事故的医疗机构和医务人员作出行政处理。

第三十六条 卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，除责令医疗机构及时采取必要的医疗救治措施，防止损害后果扩大外，应当组织调查，判定是否属于医疗事故;对不能判定是否属于医疗事故的，应当依照本条例的有关规定交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。

第三十七条 发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请。申请书应当载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。

当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。

第三十八条 发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，由医疗机构所在地的县级人民政府卫生行政部门受理。医疗机构所在地是直辖市的，由医疗机构所在地的区、县人民政府卫生行政部门受理。

有下列情形之一的，县级人民政府卫生行政部门应当自接到医疗机构的报告或者当事人提出医疗事故争议处理申请之日起7日内移送上一级人民政府卫生行政部门处理：

(一)患者死亡;

(二)可能为二级以上的医疗事故;

(三)国务院卫生行政部门和省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门规定的其他情形。

第三十九条 卫生行政部门应当自收到医疗事故争议处理申请之日起10日内进行审查，作出是否受理的决定。对符合本条例规定，予以受理，需要进行医疗事故技术鉴定的，应当自作出受理决定之日起5日内将有关材料交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定并书面通知申请人;对不符合本条例规定，不予受理的，应当书面通知申请人并说明理由。

当事人对首次医疗事故技术鉴定结论有异议，申请再次鉴定的，卫生行政部门应当自收到申请之日起7日内交由省、自治区、直辖市地方医学会组织再次鉴定。