水土保持补偿计算方式：（一）对一般生产性建设项目（不含水利水电工程建设项目中的水库淹没区）。按征占用地面积一次性计征，每平方米1.2元（不足1平方米的按1平方米计，下同）。
（二）开采矿产资源的，建设期间，按征占土地面积一次性计征，每平方米1.2元；开采期间，石油、天然气以外的矿产资源按开采量（采掘、采剥总量）计征,每吨0.5元。石油、天然气根据油、气生产井（不包括水井、勘探井）占地面积按年征收，每口油、气生产井占地面积按不超过2000平方米计算；对丛式井每增加一口，增加计征面积按不超过400平方米计算，每平方米1.2元。
（三）取土、挖砂（河道采砂除外）、采石以及烧制砖、瓦、瓷、石灰的，根据取土、挖砂、采石量，按每立方米0.8元计征（不足1立方米的按1立方米计，下同）。对缴纳义务人已按前两种方式计征水土保持补偿费的，不再重复计征。
（四）排放废弃土、石、渣的，根据土、石、渣量，按每立方米0.8元计征。对缴纳义务人已按前三种方式计征水土保持补偿费的，不再重复计征。
法律依据
《水土保持补偿费征收使用管理办法》第二条 水土保持补偿费是水行政主管部门对损坏水土保持设施和地貌植被、不能恢复原有水土保持功能的生产建设单位和个人征收并专项用于水土流失预防治理的资金。
《水土保持补偿费征收使用管理办法》第三条 水土保持补偿费全额上缴国库，纳入政府性基金预算管理，实行专款专用，年终结余结转下年使用。
《水土保持补偿费征收使用管理办法》第四条 水土保持补偿费征收、缴库、使用和管理应当接受财政、价格、人民银行、审计部门和上级水行政主管部门的监督检查。
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