申请回避的程序为：

1.当事人向法院提出回避申请的，应在案件开始审理时提出，最晚可以在法庭辩论终结前提出，如果超出了这个时间，当事人没有提出申请的，申请回避的权利即丧失；

2.法院收到回避申请后，会对回避理由进行审查，并作出是否回避的决定；

3.当事人提出回避申请时，应当说明事实和理由，并提交相应证据予以证明。

院长担任审判长时的回避，由审判委员会决定；审判人员的回避，由院长决定；其他人员的回避，由审判长决定。

法律依据

《中华人民共和国刑事诉讼法》第四十五条 在审判过程中，被告人可以拒绝辩护人继续为他辩护，也可以另行委托辩护人辩护。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第四十六条 对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据充分确实的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。