专项资金法院能否执行需要看这个专项资金用于什么。人民法院采取冻结措施时，不得冻结被申请执行人银行账户内国家指明用途的专项资金。但被申请执行人用这些名义隐蔽资金逃避履行义务的，人民法院可以冻结。人民法院在强制执行中，判定企业的存款性质应以存款用途及账户的种类作为标准。因此，更新改造等专项资金，应根据存款的特定用途。人民法院采取冻结措施时，不得冻结被申请执行人银行账户内国家指明用途的专项资金。但被申请执行人用这些名义隐蔽资金逃避履行义务的，人民法院可以冻结

法律依据

《人民币银行结算账户管理办法》十三条 设立专用账户，并严格实行专项管理和支付。否则，应认定为一般往来资金，并可予以冻结和扣划。