小规模纳税人开的增值税专用发票，应该是由税务部门代开的“征收率”为3%的增值税专用发票，这种代开的“征收率”为3%的增值税专用发票，可以抵扣，按照代开的增值税专用发票注明的税额抵扣。

值税专用发票抵扣规定是取得合法扣税凭证。纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。

法律依据

《增值税暂行条例实施细则》十一条 小规模纳税人以外的纳税人(以下称一般纳税人)因销售货物退回或者折让而退还给购买方的增值税额，应从发生销售货物退回或者折让当期的销项税额中扣减;因购进货物退出或者折让而收回的增值税额，应从发生购进货物退出或者折让当期的进项税额中扣减。 一般纳税人销售货物或者应税劳务，开具增值税专用发票后，发生销售货物退回或者折让、开票有误等情形，应按国家税务总局的规定开具红字增值税专用发票。未按规定开具红字增值税专用发票的，增值税额不得从销项税额中扣减。