开户许可证丢失后可以申请补办。
补办流程如下：

1、填写申请书，加盖公章，通过开户银行向当地中国人民银行申请补发开户许可证。

2、开户许可证丢失后，存款人应该填写“补发开户许可证申请书”，填明遗失的原因，并加盖单位公章，报开户银行，由开户银行向中国人民银行当地分支行报告，由中国人民银行审核后予以补发开户许可证。
3、开户许可证是账户合法性的证明，属于重要证书，应妥善保管，以防丢失。

4、申请换发开户许可证的，存款人应缴回原开户许可证。

法律依据

《人民币银行结算账户管理办法实施细则》四十三条 开户许可证遗失或毁损时，存款人应填写“补(换)发开户许可证申请书”，并加盖单位公章，比照《办法》和本实施细则有关开立银行结算账户的规定，通过开户银行向中国人民银行当地分支行提出补(换)发开户许可证的申请。申请换发开户许可证的，存款人应缴回原开会许可证。