房基地被别人占用这属于土地使用权争议,先进行协商，在协商不成的情况下,应当先向乡(镇)政府或者县级人民政府申请处理,对人民政府的处理决定不服的,可以申请行政复议,也可以向人民法院起诉。如果不存在权属争议,就可以直接起诉要求返还。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

法律依据

《中华人民共和国土地管理法》第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。