(1)法律依据不同。国有独资企业遵循《全民所有制企业法》，国有独资公司遵循《公司法》。

(2)管理体系不同。国有独资企业由政府出资，实行政府任命或职工选举并经政府审核同意的厂长（经理）负责制，国有独资公司是以“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的现代产权制度为指引。(3)治理结构不同。一般的国有企业董事会则由同级政府派出。国有独资公司监事会由国有资产监督管理机构委派。

法律依据

《公司法》第六十六条 【国有独资公司股东权的行使】国有独资公司不设股东会，由国有资产监督管理机构行使股东会职权。国有资产监督管理机构可以授权公司董事会行使股东会的部分职权，决定公司的重大事项，但公司的合并、分立、解散、增加或者减少注册资本和发行公司债券，必须由国有资产监督管理机构决定;其中，重要的国有独资公司合并、分立、解散、申请破产的，应当由国有资产监督管理机构审核后，报本级人民政府批准。
前款所称重要的国有独资公司，按照国务院的规定确定。