非婚生子女的亲子鉴定按下列方式处理：若是一方同意做亲子鉴定，则应当按照正常的程序进行鉴定。若是一方拒绝的，法庭可以根据查证属实并排除第三人为非婚生子女生父的证据，推定原告的诉讼请求成立。
孩子不是亲生的离婚时可以要求赔偿，具体赔偿数额根据双方协商或者由法院判决，法律没有统一规定赔偿多少。在婚姻存续期间若一方违反夫妻之间相互忠实的义务，隐瞒非亲子关系事实，另一方发现孩子不是亲生的，作为不知情而抚养非亲子的无过错方，可以起诉确认非亲子关系，并请求赔偿精神损害抚慰金。
