专项扣除超时填报也可以补扣。扣缴义务人根据员工提交的专项附加扣除信息，按月计算应预扣预缴的税款，向税务机关办理全员全额纳税申报。如果员工未能及时报送，也可在以后月份补报，由扣缴义务人在当年剩余月份发放工资时补扣，不影响员工享受专项附加扣除。根据我国法律相关规定，居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。
个税专项扣除的好处是：1、个人所得税的专项扣除项目主要使得应纳税所得额降低，从而减少应纳税额。2、能够真正使用的个人综合所得的数额更多了。3、个人所得税的专项扣除使得赡养老人、负担子女教育、住房贷款以及继续教育等方面的经济压力降低。4、有利于提高人民生活水平，从而更好地实现中华民族伟大复兴的中国梦。
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