保险代位求偿纠纷的管辖应当根据被保险人与第三人的合同关系或者侵权关系来确定管辖。如果被保险人与第三人在合同中约定仲裁解决纠纷的,经审查该仲裁条款合法有效的,同样应优先适用,保险人应向约定的仲裁委员会申请仲裁,不得直接提起诉讼。