休年假不会扣工资。机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的,享受带薪年休假,由此可知休年假是带薪的,如果单位扣工资属于一种违法行为,劳动者可以到劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。 而且职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入,也就是说年休假期限单位要给员工发放与平时正常工作期间一样的工资待遇。
没有提前30天申请离职,如果劳动双方协商一致的,用人单位不需要克扣劳动者的工资,依法结清工资,如果劳动者因此给用人单位造成损失的,劳动者需要承担赔偿责任,劳动者对赔偿有异议的,可以到用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁,用人单位负责举证证明。