合同被确认无效但已经履行的,应当根据《民法典》第一百五十七条规定,按照以下方式处理: 返还财产原则:因无效合同取得的财产应当返还 折价补偿原则:不能返还或没必要返还的应当折价补偿 过错赔偿原则:有过错的一方应赔偿对方损失,双方都有过错的各自承担相应责任 特殊收缴原则:恶意串通损害国家、集体或第三人利益的财产应收缴