二者主要区别表现在：1 、侵害的客体不同。假冒专利罪侵犯的直接客体是国家的专利管理制度，而假冒商标罪侵犯的直接客体是国家的商标管理制度。2 、假冒专利罪的侵害对象不是注册商标，而是被授予的专利。这也是二者在假冒内容上的差别。
假冒他人专利，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：（一）非法经营数额在二十万元以上或者违法所得数额在十万元以上的；（二）给专利权人造成直接经济损失在五十万元以上的；（三）假冒两项以上他人专利，非法经营数额在十万元以上或者违法所得数额在五万元以上的；（四）其他情节严重的情形。
假冒专利罪的量刑标准是： 1、自然人犯此罪的，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金； 2、单位犯此罪的，单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照上述规定处罚。
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