免于刑事处罚会留案底，只要是已经构成了刑事犯罪的，都会留有案底。免于刑事处罚只是说被告人没有刑事处罚但并不代表被告人同样也免去了刑事责任，刑事责任包括赔偿受害人经济损失、赔礼道歉、予以行政处罚或行政处分等。
