公司合并后劳动合同有以下处理方式: 1.维持原合同继续履行,劳动合同到期后,由新单位续订劳动合同,新单位不续订劳动合同的应当由新单位支付经济补偿金。 2.变更原合同,增加附则说明,因单位合并由新单位继续履行合同。