加工贸易合同审批的主管部门应当是各地的商务主管部门。其流程为: 1.到商务主管部门办理合同审批手续; 2.商务主管部门对申请作出前置审批。 3.经审批后,凭商务主管部门审批同意的加工贸易合同、审批出具的证书等,到所在地海关办理加工贸易合同备案手续。