办理医疗事故鉴定的方式有：1、当事人协商处理纠纷的，可以共同委托设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会组织鉴定；2、卫生行政部门处理医疗事故争议的，可以交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
医疗鉴定属于行政鉴定；司法鉴定属于民事鉴定。鉴定的目的不同，医疗鉴定是为医疗卫生行政部门处理医疗纠纷与医疗事故提供技术服务；司法鉴定是为医疗损害赔偿民事诉讼、医疗纠纷与事故行政处理引发的行政诉讼以及涉嫌“医疗事故罪”的刑事诉讼提供技术服务。
申请医疗事故司法鉴定，可向设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织事情首次医疗事故技术鉴定。需要再次鉴定的，可向省、自治区、直辖市地方医学会提出。必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。
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