医院医护人员违规领取合作方补助是违法的。 根据《刑法》第164条规定为谋取不正当利益,给予公司、企业或者其他单位的工作人员以财物,数额较大的,处三年以下有期徒刑或者拘役;如果仅仅是为了医生能够认真、负责的为自己或者自己朋友医治,则不会构成此罪。在医疗机构的药品、器械采购中的商业贿赂行为,如收取药品回扣、赞助费、新药推荐费等,数额较大的,也将以商业贿赂犯罪被追究刑事责任。