1、高速公路过路费发票，增值税按以下公式计算抵扣：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%。2、（1）一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票(不含财政票据，下同)上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷(1+3%)×3%一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷(1+5%)×5%通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。（2）一般纳税人收取试点前开工的一级公路、二级公路、桥、闸通行费，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算缴纳增值税。
发票在抵扣后就不可以作为债权进行申报了。因为发票并非结算凭证，只能证明双方存在债权债务的可能性，不能单独作为证明存在合同关系。
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