法院对变造金融机构经营许可证罪判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金，或者三到十年有期徒刑，并处罚金。单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照规定处罚。
变造金融机构经营许可证罪的处罚是：处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。
