如果员工操作不当给造成公司经济损失,公司当然有权要求员工赔偿损失,赔偿部分可以从工资中予以扣除。根据规定因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的,用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。员工操作不当造成公司经济损失赔偿,可由用人单位从劳动者本人的工资中扣除。扣除的部分不得超过劳动者当月工资收入的20%,且扣除后的剩余工资不得低于本市规定的标准。