个税专项附加扣除的操作方式如下:由单位按月发工资预扣税款时办理。自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。根据我国相关法律的规定,居民个人取得综合所得,按年计算个人所得税;有扣缴义务人的,由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款;需要办理汇算清缴的,应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。