协议离婚后还能因孩子抚养问题再起诉的。根据相关法律规定，离婚后，父母就子女抚养关系再次协商的，可以按照约定执行。协商不成的，一方有需要变更抚养权的正当理由的，可以向人民法院起诉，法院查证属实的，应当予以支持。
离婚时孩子的抚养问题应按下列方式进行处理：1、孩子不满两周岁的，一般归母亲抚养；2、孩子已满两周岁的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决；3、孩子已满八周岁的，确认抚养问题时，应尊重其意见。
