小微企业申请土地建厂房的流程如下: 1、申请用地必须在乡镇一级国土资源部地方资源司办理农用地转用和其他建设用地审批手续。 2、必须在规划部门办理选址、规划许可等审批手续,随项目申请用地还必须到发展改革部门办理项目相关手续,并到环保部门办理环评审批等相关手续。