小规模开票超500万不自动升一般纳税人。根据税务总局令第43号《增值税一般纳税人登记管理办法》第二条第一款规定:增值税纳税人年应税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准的,除本办法第四条规定外,应当向主管税务机关办理一般纳税人登记。所以公司应该向主管税务机关申请办理一般纳税人登记。