综合工时制员工的加班费工作时间不受标准工时制最高额的限制。譬如被批准的计算周期是季度，则在一个季度中，总工作时间为20.83天×3月×8小时=499.9小时； 而没有每天8小时和每周40小时的限制。但在一个计算周期内，如果工作超过499.9小时的部分，则应计算加班费。
标准工时制加班费计算是根据《劳动法》第四十四条的规定。 具体内容是：《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬： （一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬； （二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬； （三）法定休假日安排劳动者工作的，支
综合工时制在工作时间上除法定节假日休息外，只需符合每日工作时间不超过八小时，每周工作时间不超过四十小时的规定，未要求必须每周有休息日，即休息日工作不视为加班。 【法律依据】 按照《劳动法》第五十一条的规定，法定节假日用人单位应当依法支付工资，即折算日工资、小时工资时不剔除国家规定的11天法定节假日。
综合工时的计算周期不再是以天为单位，而是可以周、月、季、年为单位。这就意味着在一个综合计算周期内某一具体日（或周）的实际工作时间超过8小时（或40小时），但是综合计算周期内的总实际工作时间不超过总法定标准工作时间的，不算加班。只有在该周期内的工作总时间超过核定的标准时间，才叫加班，支付不低于工资150％的工资报酬；法定节假日工作的，算加班，支付不低于工资的300％的工资报酬。
根据我国相关法律的规定，劳动者每天工作的最长工时为8小时，每周最长工时为40小时。如果用人单位安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。 一般来说，每天加班时间一般不得超过1小时；因特殊原因需要延长的，延长工作时间每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。用人单位违法延长劳动者工作时间的，由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可以处以罚款。 用人单位要求劳动者加班的，需要支付劳动者相应的加班费。如果用人单位不按照规定支付劳动者加班费的，那么劳动者可以先协商处理，协商不成的，可以向劳动监察大队进行投诉或者可以直接申请劳动仲裁的。 劳动监察大队是隶属于人力资源和社会保障局的事业单位，承担人力资源和社会保障局授权委托的指导开展劳动保障监察工作的行政职能和负责劳动保障监察经办工作。 仲裁，是指将争议提交给争议之外中立的第三方，由其对当事人的纠纷居中调解，并作出裁断的行为。劳动争议仲裁是仲裁制度中的一种，旨在解决劳动纠纷。申请劳动仲裁一般是需要向当地的劳动争议仲裁委员会进行申请的。申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。申请书的内容应该包括：1.劳动者的姓名、性别、出生年月、民族、住址、联系电话。2.用人单位的名称、单位地址、法定代表人姓名、职务。3.仲裁请求和所根据的事实、理由。4.证据和证据来源、证人姓名和住所。5.致送单位名称。并且需要注意的是：劳动争议申请仲裁的时效期限为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。 所以，你知道加班费与工时制的关系了吗！
法律分析：根据我国有关劳动者休假的规定，休年假或者其他有关假期是劳动者自己决定的，当然单位也可根据公司的生产具体情况和劳动者的个人意愿安排假期，一般情况下理应同意劳动者休假的，只有在实在忙不过来时才和劳动者协调晚一点再休，但绝对不是强制调休。同时非因个人原因放假，公司是应按照正常工作时间来支付劳动报酬的，即也不能强制调休。
在综合计算工作时间时，任何超出约定标准工作时间的部分皆被视为加班。 在此情况下，在工作日内，工作者应获得不低于其每小时薪资标准的150%的加班费；而在周末和公众假期，则应获得不低于其每小时薪资标准的200%的加班补贴；当然，对于法定节假日，他们应得到不低于其正常雇佣薪资的300%的补偿金。
标准工时制加班费计算方法如下： （一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬； （二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬； （三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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