母子公司与总分公司的区别有： 1.关系不同：母子公司之间是投资人与被投资人的关系，母公司是子公司的实际控制人；而分公司是总公司的分支机构，隶属于总公司。 2.子公司是独立的法人，对经营过程中发生的债权债务，以自己的财产独立承担；分公司则不具备企业法人资格，其在经营活动中的负债，由所属总公司负责清偿。
总分公司往来是可以不交税的。因为分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担，并且没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表。所以总财产分公司的往来就不需要交税。
总分公司能互相开票。但必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。
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