总包对分包的罚款不合法。在承包合同里，当事人无论是总承包人、分包人还是业主，相互间都是平等的，业主、总承包人不能享有“罚款权”，但任一方当事人都可在另外一方当事人违反约定的情况下根据合同要求支付违约金。
法律分析：拖欠工程款的处理找政府部门调解，调解不成的到法院。根据法律规定，发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。
总包是总承包单位，负责这个项目的管理运作，直接对甲方负责，由建立进行监督。 分包是与总承包单位协商以后负责其中一个分项工程的队伍。 建筑工程总承包单位可以将承包工程中的部分工程发包给具有相应资质条件的分包单位； 但是，除总承包合同中约定的分包外，必须经建设单位认可。
一、分包人是一般纳税人，则分包人向总包开具建筑业增值专用发票，总包可以抵扣进项税； 二、分包人是小规模纳税人，则分包人向总包只能开具建筑业增值普通发票，总包不可以抵扣进项税； 三、分包人是个人，只能到当地税务部门代开增值税专用发票，总包只能抵扣3%。
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