农民工工资保证金的收取程序是:本市注册的二级以上施工总承包企业、一级专业承包企业和外地进津建筑业企业由市施工队伍管理站统一收取;然后企业持缴款通知到保证金账户所在银行足额缴纳保证金、企业签署关于保证金管理和使用的书面承诺书、区县建设行政主管部门或市施管站开具保证金收据和《农民工工资保证金缴存凭证》。