房产抵押登记协议未经共有人签字的有效性取决于具体情况。如果协议涉及共有财产的处分且未经占份额三分之二以上的共有人或全体共同共有人签字,那么该协议在涉及共有财产处分方面可能是无效的。但是,如果协议中的其他条款不违反法律法规的强制性规定且是双方真实意思表示,那么这些条款在合同法上仍然是有效的。然而,由于未经共有人签字,该协议可能无法办理抵押登记,从而影响抵押权的设立。