房产证九十九比一在离婚时应当按照这个比例分配。夫妻双方可以对财产达成约定,夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的约定,对双方具有法律约束力,在离婚时应当按照约定来分割房产。夫妻双方约定房产比例是九十九比一的,夫妻双方在办理离婚登记或者诉讼离婚的,应当按照九十九比一的比例来进行分割。 也可以根据协商来处理,协商达成一致意见的按照协商的内容分割,协商不成的可以向人民法院起诉,人民法院会根据财产的具体情况,按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。