宅基地房屋超建后,属于非法占用土地建造住宅,可以由县级以上人民政府土地管理部门责令退还非法占有的土地,限期拆除在非法占有土地上新建的房屋,或者由村委会征收超占部分的有偿使用费,也可以在土地登记簿和土地权利证书上注明超出的面积,待以后分户建房,或者现有房屋拆迁、改建翻建、政府依法规划重新建设时,按照规定面积标准重新确定使用权,其超过部分退还集体。