教育局不可以扣留档案。教育局无权扣留档案。可以先和教育局协商,如协商不成可通过诉讼的办法解决此纠纷。辞职教师须持《解除聘用合同证明书》30日内到区人才交流中心办理人事代理手续。档案是交纳社会保险和办理退休的依据,应该尽快到人才中心个人开户存档,否则,后患无穷。本人可以在原单位办理辞职手续的时候,要求原单位同时办理档案调转手续。