停业整顿期间擅自经营应当给予行政处罚，行政处罚包括警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物。拒不执行的可以处以罚款、拘留或者吊销执照，同时可以申请人民法院强制执行，构成犯罪的向公安机关移送，提请公安部门给予处罚，同时依法追究刑事责任。
